domenica 16 Giugno 2024

AlphaFold3: perché Nature lo ha pubblicato senza il suo codice?

3 settimane ago

AlphaFold3: l’avanzamento nell’analisi della struttura proteica

L’ultima versione di AlphaFold, AlphaFold3, ha destato notevole interesse grazie alle sue capacità avanzate nella previsione della struttura proteica. Questo strumento, presentato in un articolo su Nature, è in grado di prevedere non solo le strutture delle proteine in complessi proteici, ma anche le interazioni con altre molecole come DNA e RNA.

Questo passo avanti è cruciale sia per la ricerca di base che per lo sviluppo di farmaci. Tuttavia, la decisione di non pubblicare il codice completo di AlphaFold3 ha sollevato domande e critiche da parte della comunità scientifica e dei ricercatori.

La mancanza del codice sorgente

A differenza della versione precedente, AlphaFold2, la terza iterazione è stata pubblicata con uno “pseudocodice”, che fornisce una descrizione dettagliata delle funzionalità del codice senza renderlo completamente accessibile. Questo ha sollevato preoccupazioni riguardo alla riproducibilità e verifica dei risultati da parte dei ricercatori.

Limitazioni nell’utilizzo di AlphaFold3

DeepMind, il team dietro AlphaFold, ha stretto una partnership con Isomorphic Labs, una società farmaceutica di proprietà di Alphabet. Questa collaborazione ha portato a restrizioni sull’utilizzo dello strumento, specialmente per quanto riguarda lo sviluppo di farmaci. Inoltre, sono state imposte limitazioni sul numero di previsioni che i ricercatori possono effettuare quotidianamente.

Reazioni della comunità scientifica

La comunità scientifica ha manifestato delusione per la mancanza di accesso al codice sorgente di AlphaFold3, poiché ciò limita la verifica e la riproducibilità delle analisi. In risposta alle critiche, il team di DeepMind si è impegnato a rilasciare il modello AF3, compresi i pesi, per uso accademico entro sei mesi.

La discussione in corso sul rilascio del codice sorgente di AlphaFold3 evidenzia l’importanza della trasparenza e dell’accessibilità nella ricerca scientifica, soprattutto in campi cruciali come la bioinformatica e lo sviluppo farmaceutico.

Una maggiore trasparenza nella ricerca scientifica

Le politiche editoriali di Nature sostengono la condivisione aperta di materiali, dati e codici associati alla pubblicazione di studi scientifici. Questo impegno è sottolineato anche dalla collaborazione con Code Ocean, che rende le informazioni facilmente riproducibili e tracciabili.

Limitazioni e considerazioni

Le restrizioni alla condivisione completa possono derivare da mancanza di standard di reporting, infrastrutture tecniche inadeguate, riservatezza dei dati o motivi legali. Nature riconosce queste sfide e offre la possibilità di rilasciare parti limitate di codice o pseudocodice, come dimostrato in precedenti pubblicazioni.

Collaborazione con il settore privato

Il finanziamento privato della ricerca è prevalente ma molti risultati non vengono condivisi pubblicamente. Nature ritiene fondamentale collaborare con il settore privato per garantire la peer review e promuovere la condivisione delle conoscenze, la verifica della ricerca e la riproducibilità, a beneficio della sicurezza e dell’efficacia dei prodotti.

Un percorso progressivo

La promozione della trasparenza e della condivisione dei dati richiede uno sforzo continuo e un dialogo aperto con tutte le parti coinvolte. Nature invita ricercatori, politici, organizzazioni non governative e editori a contribuire alla discussione sul miglioramento dell’ecosistema della ricerca. Inviate i vostri contributi a corrispondenza@nature.com per partecipare al dialogo in corso.

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